税務ニュース2006年11月30日 農地転用決済金等の譲渡費用の取扱いを変更 「譲渡費用の範囲」の見直しはさらに検討

　国税庁は11月29日、「土地改良区内の農地の転用目的での譲渡に際して土地改良区に支払われた農地転用決済金等がある場合における譲渡費用の取扱いの変更について」を国税庁ホームページに掲載し、一定の要件を満たす農地転用決済金等については、譲渡所得の金額の計算上、譲渡費用とするよう取扱いを改めることを明らかにした。
　過去の同様事案については、国税通則法の規定に基づき、この取扱いの変更を知った日の翌日から２月以内に所轄の税務署に更正の請求をすることができる。
http://www.nta.go.jp/category/shinkoku/data/h18/5358/01.htm


係争事案の確定を受けて
　土地改良区に支払われた農地転用決済金等の取扱いについては、譲渡所得の計算上、譲渡費用に該当すると主張する納税者と、譲渡費用には該当しないと主張する課税庁との間で税務訴訟が行われていた。平成18年4月20日の最高裁判決及び、前記最高裁判決の差戻し審である平成18年9月14日東京高裁判決では、決済金・協力金等について、譲渡費用に当たると判示され、課税処分が取り消されて確定した。
　国税庁の取扱いの変更は、上記各判決の内容を受けたものである。

課税庁の取扱いの変更は、知った日の翌日から2月以内の「更正の請求」
　平成18年度税制改正においては、国税庁長官の法令の解釈が、判決等に伴って変更され、変更後の解釈が国税庁長官により公表されたことにより、その課税標準等又は税額等が異なることとなる取扱いを受けることとなったことを知った場合には、その知った日の翌日から2月以内に更正の請求をすることができると規定された（国通法23②三、国通令6①五）。今回の取扱いの変更は、上記規定が適用され、更正の請求の一年以内の制限（国通法23①）の適用を受けるものではない。また、法定申告期限から既に5年を経過しているものは、法令上、減額できないこととされている。

判決の射程範囲はさらに検討を重ねる
　平成18年4月20日最高裁判決は、「資産の譲渡に当たって支出された費用が所得税法３３条３項にいう譲渡費用に当たるかどうかは、一般的，抽象的に当該資産を譲渡するために当該費用が必要であるかどうかによって判断するのではなく、現実に行われた資産の譲渡を前提として、客観的に見てその譲渡を実現するために当該費用が必要であったかどうかによって判断すべきものである。」との判断基準を示した上で、農地転用決済金等の譲渡費用該当性を判示したものであり、課税の取扱いについては、所得税基本通達33－7（譲渡費用の範囲）を含め、農地転用決済金等に限定されずに、譲渡費用の見直しが行われるのではと期待する向きもあった。しかしながら、国税庁担当官は、判決の内容は所得税基本通達33－7に直接抵触するものではないとの判断を示しており、譲渡費用の範囲については、今後とも検討していきたいとしている。
　現時点では、農地転用決済金等の課税上の取扱いの変更（だけ）が公表されたが、譲渡費用該当性が争われる事案で「客観的に見てその譲渡を実現するために当該費用が必要であった事案」などについては、個別に税務署と課税上の取扱いを協議するなどの対応が求められることになる。