解説記事2025年09月08日 ニュース特集 令和8年度における各省庁の税制改正要望は？（2025年9月8日号・№1089）

ニュース特集
政治的に不安定な状況下で小幅な改正要望に
令和8年度における各省庁の税制改正要望は？

　各省庁等の令和8年度税制改正要望が出揃った。政治的に不安定な状況が続く中、昨年以上に小幅な改正要望にとどまっており、租税特別措置の適用期限の延長が例年以上に多くなっている（今号7頁参照）。本特集では、各省庁等の主な税制改正要望を紹介する。

　経済産業省では、研究開発税制の拡充及び延長に加え、「大胆な投資促進税制の創設」が盛り込まれた点が注目されている。研究開発税制では、既存の一般形とは別に、日本の戦略技術領域を対象とした戦略技術領域型を創設するほか、オープンイノベーション型の中に、特定大学等戦略研究拠点との共同・委託研究を追加することなどを求めている。また、注目すべき項目の1つが「大胆な投資促進税制の創設」だ。同省では、2030年度に135兆円、2040年度に200兆円の新たな官民国内投資目標を設定し、バイオ製薬への事業転換のための投資や、ファクトリーオートメーションを導入した工場の新設など、高付加価値投資を対象に税額控除や特別償却などの措置を講じることを求めている。なお、詳しくは今号10頁を参照してほしい。
　そのほか、国内投資の観点からは、カーボンニュートラルに向けた投資促進税制の適用期限を2年間延長することや、スピンオフ税制の見直しを盛り込んでいる。令和5年度税制改正では、パーシャルスピンオフ税制が創設されているが、スタートアップの創出だけでなく、ノンコア事業を切り出し、コア事業に専念するための事業ポートフォリオの組替えも促進するよう、適用要件を見直すことを求めるとともに、適用期限を廃止し、恒久的な措置とするよう求めている。
　中小企業関連では、中小企業技術基盤強化税制に関し、増減試験研究費割合に応じた控除率の上乗せについて、3年間の延長を求めるとともに、控除率の見直しや税額控除の繰越制度の導入など、インセンティブの強化に向けた見直しを求めている。
　また、日本にスタートアップ企業を生み育てるエコシステムを強化するため、オープンイノベーション促進税制の適用期限を2年間延長することを求めている。同税制は、事業会社がスタートアップ企業の株式を取得した場合、一定の要件の下、株式取得価額の25%相当額の所得控除を認めるというもの。海外と比較した場合、まだオープンイノベーションは定着していない状況にあるとしている。
特例承継計画の提出期限延長を
　そのほか、適用期限が迫る事業承継税制の特例措置については、特例承継計画の期限延長を求めた。法人版事業承継税制の特例措置の適用期限は令和9年12月31日までとされ、個人版事業承継税制の特例措置は令和10年12月31日とされるが、同税制を適用する前提として特例承継計画を都道府県に提出する必要があり、その提出期限は両制度ともに令和8年3月31日までとされている。
　また、小さな見直しではあるものの、食事支給に係る所得税非課税限度額の見直しを求めている点が注目される。企業が従業員に提供する食事については、①従業員が食事価額の50%以上を負担し、企業が負担した金額が月額3,500円以下の場合には、食事に係る所得税は非課税になるとされているが、昨今の物価上昇を踏まえ、非課税限度額の引き上げを求めている。

　金融庁の令和8年度税制改正要望では、NISA対象商品の拡充を含む制度の充実が主要項目となっている。
贈与税の非課税範囲内で設計へ
　現行のNISAについては、対象年齢が18歳以上としているが、つみたて投資枠に関してはこれを引き下げるとしている。18歳未満ということになれば、NISAを行う資金は親や祖父母からの贈与ということになるが、金融庁は、制度設計として贈与税がかからない仕組みとすることを検討しており、110万円の非課税枠を見直すことを想定しているものではないとしている。
　また、NISAについては、成長投資枠とつみたて投資枠で、最大で年間の投資額が360万円となっており、加えて生涯の非課税保有限度額は1,800万円となっている。現行のNISAではスイッチング（現在保有する株式等を売却し、新たな株式等を購入すること）を認めているが、復活は翌年となるため、株式等を売却した年において非課税保有限度額が復活する仕組みに変えるとしている。ただし、年間の投資枠は、成長投資枠とつみたて投資枠で360万円となっているため、これを超える復活はできない。例えば、仮に1,800万円保有する者が400万円の株式等を売却しても、当年中に購入できるのは360万円が上限となる。

暗号資産、株式等と同様に分離課税に
　暗号資産に関しては、令和7年度税制改正大綱において、暗号資産取引に係る課税の見直しを検討することが盛り込まれたことを踏まえ、暗号資産取引に係る必要な法整備と併せ、分離課税の導入を含めた暗号資産取引等に係る課税の見直しを求めている。現行、個人が暗号資産取引により得た利益は原則として雑所得に該当するが、金融商品取引法上、金融商品として位置付けられることを前提として、株式等と同様、申告分離課税を求めるものとなっている。
　なお、金融庁に設置された金融審議会「暗号資産制度に関するワーキング・グループ」では、暗号資産を金融商品取引法上の枠組みとし、金融商品として位置付ける方向で検討が行われており、来年の通常国会に金融商品取引法の改正案を提出する方向となっている。
　また、令和7年度税制改正では、子育て世帯に対する生命保険料控除の拡充として、新生命保険料に係る一般枠（遺族保障）について、23歳未満の扶養親族を有する場合には、現行の4万円の適用限度額に対して2万円の上乗せ措置を講ずることとされたが、1年間の時限措置とされているため、恒久化するよう求めている。

　厚生労働省では、医業継続に係る相続税・贈与税の納税猶予等の特例措置の3年間（令和11年12月31日まで）の延長を求めている。これは、「持分なし医療法人」への移行計画について厚労大臣の認定を受けた「持分あり医療法人」（認定医療法人）が「持分なし医療法人」へ移行する期間に発生する相続税・贈与税を猶予し、移行後にその猶予税額を免除するというもの。「持分なし医療法人」への移行は進んでいるものの、現状でもおよそ6割の「持分あり医療法人」が存在しており、さらに移行を促進する必要があるとしている。
　セルフメディケーション税制については、令和8年末までの時限措置となっているが、恒久化又は適用期限の延長のほか、医療費適正化効果が見込まれる非スイッチOTC医薬品及びOTC検査薬等を対象範囲に加えることを求めている。また、現行制度は、対象となる医薬品の購入費から1万2千円を差し引いた金額（上限額8万8千円）を控除額としているが、インセンティブ効果を強化するため、購入費から差し引く下限額を0円に引き下げ、控除額の上限を20万円に引き上げる（ただし、購入費が1万2千円を超えることを利用条件とする）ことを求めている。
住宅価格の高騰等を踏まえた要件の見直しを
　国土交通省では、令和7年末に適用期限を迎える住宅ローン減税及び認定住宅の投資型減税について、所要の措置を講じることを求めている（本誌1088号14頁参照）。住宅ローン減税については、住宅ローンを利用して住宅の新築・取得又は増改築等した場合、最大13年間、各年末の住宅ローン残高の0.7%を所得税額等から控除するというもの。加えて、令和7年度に限っては、子育て世帯に特化した政策税制として、借入限度額の上乗せなどの措置が講じられている。今回、これらの措置も含めて適用期限切れとなるわけだが、国土交通省では、単純な適用期限の延長ではなく、住宅価格の高騰等により住宅取得環境が厳しい状況や世帯構成の変化、既存住宅ニーズの高まりを踏まえ、要件を見直した上で適用期限の延長を求めるとしている。
　そのほか、令和8年3月31日に適用期限を迎える長期保有土地等に係る事業用資産の買換え特例について、令和11年3月31日まで延長することや、優良住宅地の造成等のために土地を譲渡した場合の長期譲渡所得の課税の特例も3年間の延長を求めている。
地方拠点強化税制の税額控除率引き上げを
　内閣府では、地方拠点強化税制の適用期限を令和10年3月末まで2年間延長するとともに、税額控除率の引き上げ（現行：移転型7%、拡充型4%）を求めた。リモートワーク等による進展など、令和6年度では東京圏から地方に移転した企業は過去最高となっており、企業の地方移転等をさらに促進し、地方における雇用創出を図るとしている。
　また、地方創生応援税制（企業版ふるさと納税）については、令和7年度税制改正で適用期限が令和10年3月末まで延長されたが、寄附を行った企業の子会社が事業を受注した問題で、福島県国見町の地域再生計画の認定が取り消された事案等を踏まえ、制度改善策を実施するとしている。
教育資金一括贈与の非課税の3年間延長を
　そのほか、文部科学省では、令和8年3月末までとされる教育資金の一括贈与の非課税措置について、適用期限を3年間延長することを求める一方、高校無償化と併せて進める人材育成の強化に係るシステム改革の財源確保のための検討を要望している。