税務ニュース2026年03月27日 合併登記が休日可も申告特例に変更なし（2026年3月30号・№1116） 国税庁、登記が遅れるケース自体がなくなるのではとの認識示す

　商業登記規則等が改正され、令和8年2月2日から会社等の設立登記の日を1月1日などの行政機関の休日とすることも可能となった。会社等の設立登記の日は、法務局が受理した日となるため、従来は法務局の閉庁日には登記ができなかったが、今回の改正により、事前申請は必要であるものの、会社側が自由に選択することができるようになったわけだ。この取扱いは、会社等の設立登記の日だけではなく、新設合併、新設分割及び株式移転による設立の登記についても同様に取り扱われることになる。
　ここで実務家が気になるのは、国税庁が公表している「新設合併等の登記が遅れた場合の取扱いについて」が今後どのように取り扱われるのかという点であろう。この取扱いは、たまたま合併期日が休日で登記申請できず、やむを得ず翌日に登記した場合であっても一定の要件を満たせば、企業に対して1日間又は2日間だけの損益を取り出し、通常の決算とは別の決算を組むことを要しないとするもの。一定の要件とは、①合併期日が行政機関の休日に当たるため、その休日後の最初に執務が行われた日に新設合併の登記申請がされたこと、②新設合併により解散した被合併法人の合併の日の前日を含む事業年度の損益については、各被合併法人において新設合併設立法人に帰属する旨の合意がなされ、その旨を記載した書類の写しを各被合併法人の当該事業年度の確定申告書に添付すること、③新設合併が非適格合併に該当しないものであることの3つとされている。
　この取扱いに対して国税庁は、現時点で変更はないことを明らかにしている。ただし、同庁によれば、会社側が休日を含めて登記日を自由に選択できるようになった以上、本取扱いに該当する休日で登記が遅れるケースがなくなるのではないかとの認識を示している。なお、本取扱いを示した国税庁HPの該当ページを継続して掲載するのか、削除や補足を含めた変更を行うかについては未定としている。
　そのほか、同様の取扱いとして、大阪国税局が平成29年3月30日付で回答した「医療法人が行う吸収合併の登記が遅れた場合の取扱いについて」もあるが、この取扱いについても変更の予定はないとしている。