税務ニュース2026年04月24日 障害者相談支援事業の消費税誤認で争い（2026年4月27日号・№1120） 市町村が消費税は非課税と誤認も加算税等の免除は困難

　社会福祉法上の社会福祉事業は消費税が非課税とされているが、障害者相談支援事業等は社会福祉事業に該当せず、かつ、消費税の課税対象となっている。一部の市町村では、この取扱いを誤認し、非課税として取り扱っていた事例があったことを踏まえ、厚生労働省は令和5年10月4日付けで「障害者相談支援事業等に係る社会福祉法上の取扱い等について」と題する事務連絡を各市町村等に対して発出している。また、国税庁も令和6年4月26日に「障害者相談支援事業等に関連するお問い合わせ（Q&A）」を公表（本誌1026号10頁参照）。国税庁のQ&Aによれば、市町村が消費税法の取扱いについて納税者に対し誤った指導を行い、納税者がその誤った指導を信頼したとしても、「納税者の責めに帰すべき事由」がないとまでは言えないことから、修正申告に伴う加算税や延滞税を免除する
ことは困難であるとの見解を示している。
　今回、本誌が入手した裁決事例でも、請求人が障害者相談支援事業等は非課税と誤認して期限内申告を行わなかったことについて、通則法上の正当な理由があるかが争われているが、納税者の責めに帰することのできない客観的な事情があったとはいえないとして納税者の請求が棄却されているので留意したい（関裁（諸）令6第45号）。
　請求人（障害者総合支援法に基づく地域生活支援事業（受託）などを行うことを目的として設立された法人）は、厚生労働省の事務連絡が発出されるまでは消費税法上の取扱いが明確でなく、全国的にも複数の自治体で非課税取引と認識しており、正当な理由に該当すると主張。しかし、審判所は、事務連絡の発出前後を通じて社会福祉事業の意義に関する解釈が変更された事実はなく、その意義を踏まえた消費税法上の取扱いが変更された事実も認められないほか、事務連絡は、障害者相談支援事業等が社会福祉事業に該当しないことの周知徹底を図るために発出されたにすぎず、事務連絡の発出をもって消費税法上の解釈が明確化されたとも認められないと指摘。また、請求人が原処分庁に対し運営事業に係る消費税上の取扱いについて具体的に相談したなどの事実もなく、誤った指導を行ったということはできないとしている。