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構造改革特別区域法施行令の一部改正(令和7年3月31日政令第127号〔附則第26条〕 令和8年11月1日から施行)
政令
新旧対照表
- 公布日 令和7年03月31日
- 施行日 令和8年11月01日
財務省
平成15年政令第78号
政令
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- 公布日 令和7年03月31日
- 施行日 令和8年11月01日
財務省
平成15年政令第78号
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◇租税特別措置法施行令の一部を改正する政令(政令第一二七号)(財務省)
1 個人所得課税
(一) 金融機関等の受ける利子所得等に対する源泉徴収不適用の特例の適用対象となる金融商品取引業者等の範囲から、非上場有価証券特例仲介等業者を除外することとした。(第三条の三関係)
(二) 特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例について、次の措置を講ずることとした。(第二五条の一〇の二関係)
⑴ 特定口座に受け入れることができる上場株式等の範囲に、居住者等が勘定廃止通知等の提出又は提供をして上場株式等の振替口座簿への記載等に係る口座に設けられた特定累積投資勘定及び特定非課税管理勘定に該当しないものとされる勘定に係る上場株式等で、当該口座から特定口座への振替の方法により当該上場株式等の全てを受け入れるもの等を加える。
⑵ 居住者等が開設する特定口座に係る特定口座内保管上場株式等である特定受益証券発行信託の受益権に係る特定受益証券発行信託の受託者は、元本の払戻しを行った場合には、当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に対し、元本減少割合等を通知しなければならない。
(三) 特定口座開設届出書又は非課税口座開設届出書等の提出をする者が告知をする場合において、その告知を受ける金融商品取引業者等の営業所の長が、その者に係る特定通知等を受けて作成された一定の事項を記載した帳簿を備えているときは、その者は、当該金融商品取引業者等の営業所の長に対しては、個人番号の告知を要しないこととした。(第二五条の一〇の三及び第二五条の一三関係)
(四) 特定中小会社が発行した株式の取得に要した金額の控除等について、次の見直しを行うこととした。(第二五条の一二関係)
⑴ 特例の適用を受けた控除対象特定株式又は特例控除対象特定株式に係る同一銘柄株式の取得価額の計算方法の見直しを行う。
⑵ 特例の適用を受けた年の翌年中に特例適用控除対象特定株式の一定の譲渡をした場合における当該特例適用控除対象特定株式に係る同一銘柄株式の取得価額の計算方法等を定める。
(五) 特定新規中小企業者がその設立の際に発行した株式の取得に要した金額の控除等について、次の見直しを行うこととした。(第二五条の一二の二関係)
⑴ 特例の適用を受けた控除対象設立特定株式に係る同一銘柄株式の取得価額の計算方法の見直しを行う。
⑵ 特例の適用を受けた年の翌年中に適用控除対象設立特定株式の一定の譲渡をした場合における当該適用控除対象設立特定株式に係る同一銘柄株式の取得価額の計算方法等を定める。
(六) 公益法人等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税措置について、次の措置を講ずることとした。(第二五条の一七関係)
⑴ 非課税承認要件の特例の対象となる公益法人等の範囲に、国立健康危機管理研究機構を加える。
⑵ 承認に係る特例の対象となる公益法人等の範囲に、国立健康危機管理研究機構、準学校法人、公益信託の受託者等であって、その贈与等に係る財産を特定管理方法により管理する等の要件を満たしたものを加える。
⑶ 贈与等に係る財産を特定管理方法により管理する場合における非課税措置の継続適用の特例の対象法人の範囲に、国立健康危機管理研究機構、準学校法人、公益信託の受託者等を加える。
(七) 六五歳以上の居住者に係る源泉徴収を要しない公的年金等の額の特例について、特例に係る額を一六八万円(一定の公的年金等については、九〇万円)(改正前一五八万円(一定の公的年金等については、八〇万円))に引き上げることとした。(第二六条の二七関係)
(八) 令和七年分以後の各年分の基礎控除等の特例について、公的年金等に係る源泉徴収税額の計算の際に公的年金等の金額から控除される金額を定める基準となる公的年金等の額を定めるとともに、本特例による基礎控除の控除額の引上げに伴う源泉徴収を要しない公的年金等の額の引上げを行うこととした。(第二六条の二七の二関係)
(九) 公益社団法人等に寄附をした場合の所得税額の特別控除について、対象となる学校法人等に閲覧の請求があった場合における閲覧対象とすべき書類の範囲に、監査報告等を加えることとした。(第二六条の二八の二関係)
2 法人課税
(一) 中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度について、対象となる中小企業者に該当する法人の細目を定めることとした。(第一条の二及び第二七条の六関係)
(二) 沖縄の特定地域において工業用機械等を取得した場合の特別税額控除制度について、情報通信産業振興地域に係る措置及び産業イノベーション促進地域に係る措置の対象となる事業の見直しを行った上、各区域に係る適用期限を二年延長することとした。(第二七条の九関係)
(三) 地域経済牽けん引事業の促進区域内において特定事業用機械等を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度について、対象となる特定地域経済牽引事業施設等の取得価額の最低限度を一億円以上(改正前二、〇〇〇万円以上)に引き上げることとした。(第五条の五の二及び第二七条の一一の二関係)
(四) 中小企業者等が特定経営力向上設備等を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度について、対象となる特定経営力向上設備等の取得価額の最低限度等を定めることとした。(第二七条の一二の四関係)
(五) 関西文化学術研究都市の文化学術研究地区における文化学術研究施設の特別償却制度について、対象となる研究所用の施設に係る要件のうちその取得等に必要な資金の額の最低限度を四億五、〇〇〇万円以上(改正前四億円以上)に引き上げることとした。(第二八条の四関係)
(六) 共同利用施設の特別償却制度について、対象となる共同利用施設のうち建物の取得価額の最低限度を六五〇万円以上(改正前六〇〇万円以上)に引き上げることとした。(第二八条の六関係)
(七) 再資源化事業等高度化設備の特別償却制度について、対象となる再資源化事業等高度化設備の範囲等を定めることとした。(第二八条の八の二関係)
(八) 特定地域における工業用機械等の特別償却制度について、次の見直しを行うこととした。(第六条の三及び第二八条の九関係)
⑴ 沖縄の特定地域における工業用機械等の特別償却制度について、産業イノベーション促進地域に係る措置の対象となる事業の見直しを行った上、各区域に係る適用期限を二年延長する。
⑵ 沖縄の離島における旅館業用建物等の特別償却制度の適用期限を二年延長する。
⑶ 半島振興対策実施地域に係る措置及び離島振興対策実施地域に係る措置について、対象となる情報サービス業等を情報サービス業その他の一定の事業とした上、その適用期限を二年延長する。
(九) 保険会社等の異常危険準備金制度について、次の見直しを行うこととした。(第三三条の二関係)
⑴ 異常災害損失の計算を区分ごとに行う異常災害による損失の発生の状況が類似する保険(以下「特定保険」という。)及びその区分の細目を定める。
⑵ 特定保険の異常災害損失率を一〇〇分の五五(改正前一〇〇分の五〇)に引き上げる。
⑶ 各事業年度終了の日前一〇年以前に終了した事業年度において積み立てた異常危険準備金の金額のうち益金の額に算入する金額の計算における保険の種類について、特定保険については、⑴の区分とする。
⑷ 火災共済に係る積立率の特例の適用期限を三年延長する。
⑸ 火災保険等に係る積立率の特例について、対象となる事業年度から除外される事業年度をその事業年度終了の日において法人の行う特定保険に係る異常危険準備金の金額がその特定保険の当年度保険料等に一〇〇分の三〇を乗じて計算した金額を超える場合のその事業年度とした上、その適用期限を三年延長する。
(一〇) 探鉱準備金又は海外探鉱準備金制度について、次の見直しを行うこととした。(第三四条関係)
⑴ 探鉱準備金制度について、適格分割又は適格現物出資の日を含む事業年度における積立限度額の計算の基礎となる金額を定める。
⑵ 海外探鉱準備金制度の対象となる国内鉱業者に準ずるものの判定における国外子会社の要件のうち「その法人の役員及びその法人又はその子会社の技術者が派遣されていること」との要件について、その法人の重要な使用人が業務を執行する役員として派遣され、及びその法人又はその子会社の技術者が派遣されている場合にも要件を満たすこととするとともに、技術者から重要な使用人を除外する。
(一一) 農業経営基盤強化準備金制度における損金算入限度額の計算の基礎となる金額のうち農用地の取得に充てるための金額について、農用地のうち農業経営基盤強化促進法に規定する地域計画の区域において当該法人の利用が見込まれるものの取得に充てるための金額に限定することとした。(第一六条の二及び第三七条の二関係)
(一二) 農用地等を取得した場合の課税の特例の圧縮限度額の計算の基礎となる金額における交付金等のうち農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかった金額について、交付金等のうち(一一)の見直し後の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかった金額とすることとした。(第一六条の三及び第三七条の三関係)
(一三) 特定目的信託に係る受託法人の課税の特例について、超過分配事業年度以後の各事業年度に係る金銭の分配の額が分配可能額の一〇〇分の九〇相当額を超えていることとの要件における分配可能利益の額に加算する金額の計算の基礎となる純資産価額から控除する金額の範囲に評価・換算差額等の額を加えることとした。(第三九条の三五の二関係)
3 国際課税
令和九年に開催される二〇二七年国際園芸博覧会の公式参加者等に係る課税の特例について、本特例の対象となる非居住者及び国内源泉所得の範囲についての細目等を定めることとした。(第一九条の二及び第三九条の三三の二の二関係)
4 資産課税
(一) 認定事業再編計画に基づき行う登記に対する登録免許税の税率の軽減措置について、適用対象となる計画の範囲に食品等の持続的な供給を実現するための食品等事業者による事業活動の促進及び食品等の取引の適正化に関する法律の安定取引関係確立事業活動計画等を加えることに伴う所要の整備を行うこととした。(第四二条の六関係)
(二) 特例事業者等が不動産特定共同事業契約により不動産を取得した場合の所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置について、次の見直しを行うこととした。(第四三条の三関係)
⑴ 特例事業者又は適格特例投資家限定事業者が不動産の取得後に新築等又は特定増築等に着手するまでの期限に係る要件を、不動産の取得後三年以内(改正前二年以内)とする。
⑵ 特例事業者又は適格特例投資家限定事業者が取得する建替え又は特定増築等をすることが必要な建築物の築年数に係る要件を、建築物が新築された日から一五年超(改正前一〇年超)とする。
5 消費課税
(一) 海軍販売所等における免税物品の購入方法等について、外国人旅行者向け消費税免税制度(輸出物品販売場制度)の見直しに伴い、所要の整備を行うこととした。(第四六条関係)
(二) 輸出酒類販売場制度について、次の見直しを行うこととした。(第四六条の八の二~第四六条の八の四及び第四六条の八の七関係)
⑴ 免税購入対象者が輸出酒類販売場で免税対象酒類を購入する際の免税購入手続の方法を次のように見直す。
イ 船舶観光上陸許可等の上陸の許可を受けて在留する免税購入対象者が輸出酒類販売場において免税購入する場合には、旅券及び船舶観光上陸許可書等を輸出酒類販売場を経営する酒類製造者に提示することとする。
ロ 免税購入対象者が輸出に係る運送契約を締結して、その場で国際第二種貨物利用運送事業者に引き渡す場合の免税購入手続の方法を廃止する。
⑵ 輸出酒類販売場の許可の要件に、免税販売手続及び酒類購入記録情報の提供等を適正に実施するための必要な体制が整備されていることを加える。
⑶ 輸出酒類販売場を経営する酒類製造者は、税関確認情報の受領に係る事務を承認送受信事業者に委託して行わせることができる。
(三) 加熱式たばこに係るたばこ税の課税標準の特例について、一定の加熱式たばこの重量を紙巻たばこの本数に換算する場合の計算の細目及び品目ごとの一個をもって紙巻たばこの二〇本に換算しないものの範囲を定めることとした。(第四六条の八の九及び第四六条の八の一〇関係)
(四) 自動車重量税率の特例に係る特定の検査自動車の範囲等及び使用済自動車に係る自動車重量税の還付制度について、車検制度の見直しに伴い、所要の整備を行うこととした。(第五一条の三及び第五一条の五関係)
6 施行期日
この政令は、一部の規定を除き、令和七年四月一日から施行することとした。
1 個人所得課税
(一) 金融機関等の受ける利子所得等に対する源泉徴収不適用の特例の適用対象となる金融商品取引業者等の範囲から、非上場有価証券特例仲介等業者を除外することとした。(第三条の三関係)
(二) 特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例について、次の措置を講ずることとした。(第二五条の一〇の二関係)
⑴ 特定口座に受け入れることができる上場株式等の範囲に、居住者等が勘定廃止通知等の提出又は提供をして上場株式等の振替口座簿への記載等に係る口座に設けられた特定累積投資勘定及び特定非課税管理勘定に該当しないものとされる勘定に係る上場株式等で、当該口座から特定口座への振替の方法により当該上場株式等の全てを受け入れるもの等を加える。
⑵ 居住者等が開設する特定口座に係る特定口座内保管上場株式等である特定受益証券発行信託の受益権に係る特定受益証券発行信託の受託者は、元本の払戻しを行った場合には、当該特定口座が開設されている金融商品取引業者等の営業所の長に対し、元本減少割合等を通知しなければならない。
(三) 特定口座開設届出書又は非課税口座開設届出書等の提出をする者が告知をする場合において、その告知を受ける金融商品取引業者等の営業所の長が、その者に係る特定通知等を受けて作成された一定の事項を記載した帳簿を備えているときは、その者は、当該金融商品取引業者等の営業所の長に対しては、個人番号の告知を要しないこととした。(第二五条の一〇の三及び第二五条の一三関係)
(四) 特定中小会社が発行した株式の取得に要した金額の控除等について、次の見直しを行うこととした。(第二五条の一二関係)
⑴ 特例の適用を受けた控除対象特定株式又は特例控除対象特定株式に係る同一銘柄株式の取得価額の計算方法の見直しを行う。
⑵ 特例の適用を受けた年の翌年中に特例適用控除対象特定株式の一定の譲渡をした場合における当該特例適用控除対象特定株式に係る同一銘柄株式の取得価額の計算方法等を定める。
(五) 特定新規中小企業者がその設立の際に発行した株式の取得に要した金額の控除等について、次の見直しを行うこととした。(第二五条の一二の二関係)
⑴ 特例の適用を受けた控除対象設立特定株式に係る同一銘柄株式の取得価額の計算方法の見直しを行う。
⑵ 特例の適用を受けた年の翌年中に適用控除対象設立特定株式の一定の譲渡をした場合における当該適用控除対象設立特定株式に係る同一銘柄株式の取得価額の計算方法等を定める。
(六) 公益法人等に対して財産を寄附した場合の譲渡所得等の非課税措置について、次の措置を講ずることとした。(第二五条の一七関係)
⑴ 非課税承認要件の特例の対象となる公益法人等の範囲に、国立健康危機管理研究機構を加える。
⑵ 承認に係る特例の対象となる公益法人等の範囲に、国立健康危機管理研究機構、準学校法人、公益信託の受託者等であって、その贈与等に係る財産を特定管理方法により管理する等の要件を満たしたものを加える。
⑶ 贈与等に係る財産を特定管理方法により管理する場合における非課税措置の継続適用の特例の対象法人の範囲に、国立健康危機管理研究機構、準学校法人、公益信託の受託者等を加える。
(七) 六五歳以上の居住者に係る源泉徴収を要しない公的年金等の額の特例について、特例に係る額を一六八万円(一定の公的年金等については、九〇万円)(改正前一五八万円(一定の公的年金等については、八〇万円))に引き上げることとした。(第二六条の二七関係)
(八) 令和七年分以後の各年分の基礎控除等の特例について、公的年金等に係る源泉徴収税額の計算の際に公的年金等の金額から控除される金額を定める基準となる公的年金等の額を定めるとともに、本特例による基礎控除の控除額の引上げに伴う源泉徴収を要しない公的年金等の額の引上げを行うこととした。(第二六条の二七の二関係)
(九) 公益社団法人等に寄附をした場合の所得税額の特別控除について、対象となる学校法人等に閲覧の請求があった場合における閲覧対象とすべき書類の範囲に、監査報告等を加えることとした。(第二六条の二八の二関係)
2 法人課税
(一) 中小企業者等が機械等を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度について、対象となる中小企業者に該当する法人の細目を定めることとした。(第一条の二及び第二七条の六関係)
(二) 沖縄の特定地域において工業用機械等を取得した場合の特別税額控除制度について、情報通信産業振興地域に係る措置及び産業イノベーション促進地域に係る措置の対象となる事業の見直しを行った上、各区域に係る適用期限を二年延長することとした。(第二七条の九関係)
(三) 地域経済牽けん引事業の促進区域内において特定事業用機械等を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度について、対象となる特定地域経済牽引事業施設等の取得価額の最低限度を一億円以上(改正前二、〇〇〇万円以上)に引き上げることとした。(第五条の五の二及び第二七条の一一の二関係)
(四) 中小企業者等が特定経営力向上設備等を取得した場合の特別償却又は特別税額控除制度について、対象となる特定経営力向上設備等の取得価額の最低限度等を定めることとした。(第二七条の一二の四関係)
(五) 関西文化学術研究都市の文化学術研究地区における文化学術研究施設の特別償却制度について、対象となる研究所用の施設に係る要件のうちその取得等に必要な資金の額の最低限度を四億五、〇〇〇万円以上(改正前四億円以上)に引き上げることとした。(第二八条の四関係)
(六) 共同利用施設の特別償却制度について、対象となる共同利用施設のうち建物の取得価額の最低限度を六五〇万円以上(改正前六〇〇万円以上)に引き上げることとした。(第二八条の六関係)
(七) 再資源化事業等高度化設備の特別償却制度について、対象となる再資源化事業等高度化設備の範囲等を定めることとした。(第二八条の八の二関係)
(八) 特定地域における工業用機械等の特別償却制度について、次の見直しを行うこととした。(第六条の三及び第二八条の九関係)
⑴ 沖縄の特定地域における工業用機械等の特別償却制度について、産業イノベーション促進地域に係る措置の対象となる事業の見直しを行った上、各区域に係る適用期限を二年延長する。
⑵ 沖縄の離島における旅館業用建物等の特別償却制度の適用期限を二年延長する。
⑶ 半島振興対策実施地域に係る措置及び離島振興対策実施地域に係る措置について、対象となる情報サービス業等を情報サービス業その他の一定の事業とした上、その適用期限を二年延長する。
(九) 保険会社等の異常危険準備金制度について、次の見直しを行うこととした。(第三三条の二関係)
⑴ 異常災害損失の計算を区分ごとに行う異常災害による損失の発生の状況が類似する保険(以下「特定保険」という。)及びその区分の細目を定める。
⑵ 特定保険の異常災害損失率を一〇〇分の五五(改正前一〇〇分の五〇)に引き上げる。
⑶ 各事業年度終了の日前一〇年以前に終了した事業年度において積み立てた異常危険準備金の金額のうち益金の額に算入する金額の計算における保険の種類について、特定保険については、⑴の区分とする。
⑷ 火災共済に係る積立率の特例の適用期限を三年延長する。
⑸ 火災保険等に係る積立率の特例について、対象となる事業年度から除外される事業年度をその事業年度終了の日において法人の行う特定保険に係る異常危険準備金の金額がその特定保険の当年度保険料等に一〇〇分の三〇を乗じて計算した金額を超える場合のその事業年度とした上、その適用期限を三年延長する。
(一〇) 探鉱準備金又は海外探鉱準備金制度について、次の見直しを行うこととした。(第三四条関係)
⑴ 探鉱準備金制度について、適格分割又は適格現物出資の日を含む事業年度における積立限度額の計算の基礎となる金額を定める。
⑵ 海外探鉱準備金制度の対象となる国内鉱業者に準ずるものの判定における国外子会社の要件のうち「その法人の役員及びその法人又はその子会社の技術者が派遣されていること」との要件について、その法人の重要な使用人が業務を執行する役員として派遣され、及びその法人又はその子会社の技術者が派遣されている場合にも要件を満たすこととするとともに、技術者から重要な使用人を除外する。
(一一) 農業経営基盤強化準備金制度における損金算入限度額の計算の基礎となる金額のうち農用地の取得に充てるための金額について、農用地のうち農業経営基盤強化促進法に規定する地域計画の区域において当該法人の利用が見込まれるものの取得に充てるための金額に限定することとした。(第一六条の二及び第三七条の二関係)
(一二) 農用地等を取得した場合の課税の特例の圧縮限度額の計算の基礎となる金額における交付金等のうち農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかった金額について、交付金等のうち(一一)の見直し後の農業経営基盤強化準備金として積み立てられなかった金額とすることとした。(第一六条の三及び第三七条の三関係)
(一三) 特定目的信託に係る受託法人の課税の特例について、超過分配事業年度以後の各事業年度に係る金銭の分配の額が分配可能額の一〇〇分の九〇相当額を超えていることとの要件における分配可能利益の額に加算する金額の計算の基礎となる純資産価額から控除する金額の範囲に評価・換算差額等の額を加えることとした。(第三九条の三五の二関係)
3 国際課税
令和九年に開催される二〇二七年国際園芸博覧会の公式参加者等に係る課税の特例について、本特例の対象となる非居住者及び国内源泉所得の範囲についての細目等を定めることとした。(第一九条の二及び第三九条の三三の二の二関係)
4 資産課税
(一) 認定事業再編計画に基づき行う登記に対する登録免許税の税率の軽減措置について、適用対象となる計画の範囲に食品等の持続的な供給を実現するための食品等事業者による事業活動の促進及び食品等の取引の適正化に関する法律の安定取引関係確立事業活動計画等を加えることに伴う所要の整備を行うこととした。(第四二条の六関係)
(二) 特例事業者等が不動産特定共同事業契約により不動産を取得した場合の所有権の移転登記等に対する登録免許税の税率の軽減措置について、次の見直しを行うこととした。(第四三条の三関係)
⑴ 特例事業者又は適格特例投資家限定事業者が不動産の取得後に新築等又は特定増築等に着手するまでの期限に係る要件を、不動産の取得後三年以内(改正前二年以内)とする。
⑵ 特例事業者又は適格特例投資家限定事業者が取得する建替え又は特定増築等をすることが必要な建築物の築年数に係る要件を、建築物が新築された日から一五年超(改正前一〇年超)とする。
5 消費課税
(一) 海軍販売所等における免税物品の購入方法等について、外国人旅行者向け消費税免税制度(輸出物品販売場制度)の見直しに伴い、所要の整備を行うこととした。(第四六条関係)
(二) 輸出酒類販売場制度について、次の見直しを行うこととした。(第四六条の八の二~第四六条の八の四及び第四六条の八の七関係)
⑴ 免税購入対象者が輸出酒類販売場で免税対象酒類を購入する際の免税購入手続の方法を次のように見直す。
イ 船舶観光上陸許可等の上陸の許可を受けて在留する免税購入対象者が輸出酒類販売場において免税購入する場合には、旅券及び船舶観光上陸許可書等を輸出酒類販売場を経営する酒類製造者に提示することとする。
ロ 免税購入対象者が輸出に係る運送契約を締結して、その場で国際第二種貨物利用運送事業者に引き渡す場合の免税購入手続の方法を廃止する。
⑵ 輸出酒類販売場の許可の要件に、免税販売手続及び酒類購入記録情報の提供等を適正に実施するための必要な体制が整備されていることを加える。
⑶ 輸出酒類販売場を経営する酒類製造者は、税関確認情報の受領に係る事務を承認送受信事業者に委託して行わせることができる。
(三) 加熱式たばこに係るたばこ税の課税標準の特例について、一定の加熱式たばこの重量を紙巻たばこの本数に換算する場合の計算の細目及び品目ごとの一個をもって紙巻たばこの二〇本に換算しないものの範囲を定めることとした。(第四六条の八の九及び第四六条の八の一〇関係)
(四) 自動車重量税率の特例に係る特定の検査自動車の範囲等及び使用済自動車に係る自動車重量税の還付制度について、車検制度の見直しに伴い、所要の整備を行うこととした。(第五一条の三及び第五一条の五関係)
6 施行期日
この政令は、一部の規定を除き、令和七年四月一日から施行することとした。
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