解説記事2008年06月09日 【編集部解説】 新しい公益法人課税制度（１）（2008年6月9日号・№261）

法人税法別表第2（公益法人等の表）に次のものが加えられました。

法人税法別表第２（公益法人等の表）から次のものが削除されました。

法人税法

第２節　課税所得の範囲の変更等【新設】

（課税所得の範囲の変更等の場合のこの法律の適用）
第１０条の３　特定普通法人（一般社団法人若しくは一般財団法人又は医療法人のうち、普通法人であるものをいう。以下この条において同じ。）が公益法人等に該当することとなる場合には、その該当することとなる日の前日に当該特定普通法人が解散したものとみなして、次に掲げる規定その他政令で定める規定を適用する。
　一　第８０条第４項（欠損金の繰戻しによる還付）
　二　第８１条の３１第３項（連結欠損金の繰戻しによる還付）
２　特定普通法人が公益法人等に該当することとなつた場合には、その該当することとなつた日に当該公益法人等が設立されたものとみなして、次に掲げる規定その他政令で定める規定を適用する。
　一　第５７条第１項（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し）
　二　第５８条第１項（青色申告書を提出しなかつた事業年度の災害による損失金の繰越し）
　三　第５９条（会社更生等による債務免除等があつた場合の欠損金の損金算入）
　四　第８０条
３　特定普通法人が当該特定普通法人を被合併法人とし、公益法人等を合併法人とする適格合併を行つた場合の処理その他前２項の規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

法人税法施行令

第２章の２　課税所得等の範囲等【新設】

第１４条の１１　法第１０条の３第１項（課税所得の範囲の変更等の場合のこの法律の適用）に規定する政令で定める規定は、次に掲げる規定とする。
　一　第８１条（国庫補助金等に係る特別勘定の金額の取崩し）
　二　第９０条（保険差益等に係る特別勘定の金額の取崩し）
　三　法第８１条の３第１項（前２号に掲げる規定により同項に規定する個別益金額を計算する場合に限る。）（個別益金額又は個別損金額の益金又は損金算入）
２　法第１０条の３第２項に規定する政令で定める規定は、次に掲げる規定とする。
　一　第２２条（株式等に係る負債の利子の額）
　二　第９６条第２項（貸倒引当金勘定への繰入限度額）
　三　第１０１条第２項（返品調整引当金勘定への繰入限度額）
３　法第１０条の３第１項に規定する特定普通法人が、当該特定普通法人を被合併法人とし、公益法人等を合併法人とする合併（適格合併に限る。）を行つた場合には、当該合併は適格合併に該当しないものとみなして、次に掲げる規定を適用する。
　一　法第５２条第１項及び第２項（貸倒引当金）
　二　法第５３条第１項（返品調整引当金）
　三　法第５７条第２項（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し）
　四　法第５８条第２項（青色申告書を提出しなかつた事業年度の災害による損失金の繰越し）
　五　法第６１条の６第３項（繰延ヘッジ処理による利益額又は損失額の繰延べ）
　六　法第８０条第４項（欠損金の繰戻しによる還付）
　七　法第８１条の３１第３項（連結欠損金の繰戻しによる還付）
　八　第２２条第３項
　九　第８１条
　十　第９０条
　十一　第９６条第２項
　十二　第１０１条第２項
　十三　第１２１条の５第１項（繰り延べたデリバティブ取引等の決済損益額の計上時期等）
　十四　第１２５条第２項（延払基準の方法により経理しなかつた場合等の処理）
　十五　第１２８条（適格組織再編成が行われた場合における延払基準の適用）
　十六　第１３３条の２第４項（一括償却資産の損金算入）
　十七　第１３９条の４第９項（資産に係る控除対象外消費税額等の損金算入）
　十八　法第８１条の３第１項（第１号、第２号、第５号又は第９号から前号までに掲げる規定により同項に規定する個別益金額又は個別損金額を計算する場合に限る。）

法人税法

第１０款　公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算【新設】

第６４条の４　一般社団法人若しくは一般財団法人又は医療法人（公益法人等に限る。次項において「特定公益法人等」という。）である内国法人が普通法人に該当することとなつた場合には、その内国法人のその該当することとなつた日（以下この項及び第３項において「移行日」という。）前の収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額（第３項において「累積所得金額」という。）又は当該移行日前の収益事業以外の事業から生じた欠損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額（第３項において「累積欠損金額」という。）に相当する金額は、当該内国法人の当該移行日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。
２　特定公益法人等を被合併法人とし、普通法人である内国法人を合併法人とする適格合併が行われた場合には、当該被合併法人の当該適格合併前の収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額（次項において「合併前累積所得金額」という。）又は当該適格合併前の収益事業以外の事業から生じた欠損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額（次項において「合併前累積欠損金額」という。）に相当する金額は、当該内国法人の当該適格合併の日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入する。
３　第１項の内国法人が公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律（平成１８年法律第４９号）第２９条第１項又は第２項（公益認定の取消し）の規定によりこれらの規定に規定する公益認定を取り消されたことにより普通法人に該当することとなつた法人である場合、前項の内国法人が公益社団法人又は公益財団法人を被合併法人とする同項に規定する適格合併に係る合併法人である場合その他の政令で定める場合に該当する場合における前２項の規定の適用については、移行日又は当該適格合併の日以後に公益の目的のために支出される金額として政令で定める金額に相当する金額は、政令で定めるところにより、累積所得金額若しくは合併前累積所得金額から控除し、又は累積欠損金額若しくは合併前累積欠損金額に加算する。
４　前項の規定は、確定申告書に同項に規定する政令で定める金額及びその計算に関する明細の記載があり、かつ、財務省令で定める書類の添付がある場合に限り、適用する。
５　税務署長は、前項の記載又は書類の添付がない確定申告書の提出があつた場合においても、その記載又は添付がなかつたことについてやむを得ない事情があると認めるときは、第３項の規定を適用することができる。
６　前２項に定めるもののほか、第３項に規定する政令で定める金額を支出した事業年度における処理その他第１項から第３項までの規定の適用に関し必要な事項は、政令で定める。

法人税法施行令

第３款の４　公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算【新設】

（累積所得金額又は累積欠損金額の計算）
第１３１条の４　法第６４条の４第１項（公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算）に規定する収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の同項に規定する移行日（以下この項及び次条第１項において「移行日」という。）における資産の帳簿価額が負債帳簿価額等（負債の帳簿価額及び利益積立金額の合計額をいう。以下この項において同じ。）を超える場合におけるその超える部分の金額（次条第２項において「累積所得金額」という。）とし、法第６４条の４第１項に規定する収益事業以外の事業から生じた欠損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の移行日における負債帳簿価額等が資産の帳簿価額を超える場合におけるその超える部分の金額（次条第２項及び第３項において「累積欠損金額」という。）とする。
２　法第６４条の４第２項に規定する収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の同項に規定する適格合併に係る移転資産帳簿価額（適格合併により被合併法人から引継ぎを受けた資産の帳簿価額をいう。以下この項において同じ。）が移転負債帳簿価額等（適格合併により被合併法人から引継ぎを受けた負債の帳簿価額及び当該適格合併に係る第９条第１項第２号（利益積立金額）に掲げる金額の合計額をいう。以下この項において同じ。）を超える場合におけるその超える部分の金額（次条第２項において「合併前累積所得金額」という。）とし、法第６４条の４第２項に規定する収益事業以外の事業から生じた欠損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額は、同項の内国法人の同項に規定する適格合併に係る移転負債帳簿価額等が移転資産帳簿価額を超える場合におけるその超える部分の金額（次条第２項及び第３項において「合併前累積欠損金額」という。）とする。

（累積所得金額から控除する金額等の計算）
第１３１条の５　法第６４条の４第３項（公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算）に規定する政令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める金額は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。
　一　法第６４条の４第１項の内国法人が公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第２９条第１項又は第２項（公益認定の取消し）の規定によりこれらの規定に規定する公益認定を取り消されたことにより普通法人に該当することとなつた法人である場合　当該内国法人の移行日における公益目的取得財産残額（同法第３０条第２項（公益認定の取消し等に伴う贈与）に規定する公益目的取得財産残額をいう。次号及び第４項において同じ。）に相当する金額
　二　法第６４条の４第２項の内国法人が公益社団法人又は公益財団法人を被合併法人とする同項に規定する適格合併に係る合併法人である場合　当該被合併法人の当該適格合併の直前の公益目的取得財産残額に相当する金額
　三　法第６４条の４第１項の内国法人が一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成１８年法律第５０号。以下この号及び第五項において「整備法」という。）第１２３条第１項（移行法人の義務等）に規定する移行法人（整備法第１２６条第３項（合併をした場合の届出等）の規定により整備法第１２３条第１項に規定する移行法人とみなされるものを含む。次号において「移行法人」という。）である場合　次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額
　　イ　当該内国法人の移行日における修正公益目的財産残額（整備法第１１９条第２項第２号（公益目的支出計画の作成）に規定する公益目的財産残額を基礎として財務省令で定めるところにより計算した金額をいう。次号イにおいて同じ。）
　　ロ　当該内国法人の移行日における資産の帳簿価額から前条第１項に規定する負債帳簿価額等を控除した金額
　四　法第６４条の４第２項の内国法人が移行法人を被合併法人とする同項に規定する適格合併に係る合併法人である場合　次に掲げる金額のうちいずれか少ない金額
　　イ　当該被合併法人の当該適格合併の直前の修正公益目的財産残額
　　ロ　当該適格合併に係る前条第２項に規定する移転資産帳簿価額から同項に規定する移転負債帳簿価額等を控除した金額
２　内国法人が、法第６４条の４第１項又は第２項の規定の適用を受ける場合において、前項各号に掲げる場合に該当するとき（累積所得金額又は合併前累積所得金額がある場合に限る。）は、同条第１項に規定する収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額又は同条第２項に規定する収益事業以外の事業から生じた所得の金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額は、前条の規定にかかわらず、当該累積所得金額又は合併前累積所得金額から当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額を控除した金額とする。この場合において、当該累積所得金額又は合併前累積所得金額から控除しきれない金額があるときは、その控除しきれない金額は、それぞれ累積欠損金額又は合併前累積欠損金額とみなして、同条の規定を適用する。
３　内国法人が、法第６４条の４第１項又は第２項の規定の適用を受ける場合において、第１項第１号又は第２号に掲げる場合に該当するとき（累積欠損金額又は合併前累積欠損金額がある場合に限る。）は、同条第１項に規定する収益事業以外の事業から生じた欠損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額又は同条第２項に規定する収益事業以外の事業から生じた欠損金額の累積額として政令で定めるところにより計算した金額は、前条の規定にかかわらず、当該累積欠損金額又は合併前累積欠損金額に第１項第１号又は第２号に掲げる場合の区分に応じこれらの号に定める金額を加算した金額とする。
４　内国法人が法第６４条の４第３項の規定の適用を受ける場合（第１項第１号又は第２号に掲げる場合に該当する場合に限る。）において、当該内国法人が公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律第５条第17号（公益認定の基準）の定款の定めに従い成立した公益目的取得財産残額に相当する額の財産の贈与に係る契約（同法第３０条第１項の規定により成立したものとみなされるものを含む。）により金銭その他の資産の贈与をしたときは、当該贈与により生じた損失の額は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
５　内国法人が法第６４条の４第３項の規定の適用を受ける場合（第１項第３号又は第４号に掲げる場合に該当する場合に限る。次項において同じ。）において、当該内国法人のその適用を受ける事業年度以後の各事業年度（整備法第１２４条（公益目的支出計画の実施が完了したことの確認）の確認に係る事業年度（次項及び第七項において「確認事業年度」という。）後の事業年度を除く。）の整備法第１１９条第２項第１号の支出の額（以下この条において「公益目的支出の額」という。）が同項第２号の規定により同号に規定する公益目的財産残額の計算上当該公益目的支出の額から控除される同号の収入の額（次項において「実施事業収入の額」という。）を超えるときは、その超える部分の金額（当該内国法人の有する調整公益目的財産残額が当該超える部分の金額に満たない場合には、当該調整公益目的財産残額に相当する金額。第７項において「支出超過額」という。）は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入しない。
６　内国法人が法第６４条の４第３項の規定の適用を受ける場合において、当該内国法人のその適用を受ける事業年度以後の各事業年度（確認事業年度後の事業年度を除く。）の実施事業収入の額が公益目的支出の額を超えるとき（当該内国法人が調整公益目的財産残額を有する場合に限る。）は、その超える部分の金額（次項において「収入超過額」という。）は、当該内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。
７　前２項に規定する調整公益目的財産残額とは、第１項第３号又は第４号に定める金額から前２項の規定の適用を受ける事業年度（以下この項において「適用事業年度」という。）前の各事業年度の支出超過額の合計額を減算し、これに当該適用事業年度前の各事業年度の収入超過額の合計額を加算した金額（確認事業年度後の事業年度にあつては、零）をいう。
８　法第６４条の４第３項の規定の適用を受けた法人を被合併法人とする合併が行われた場合において、当該被合併法人が当該合併の直前において前項に規定する調整公益目的財産残額を有するときは、当該合併に係る合併法人（当該合併の日において公益社団法人又は公益財団法人に該当するものを除く。）の当該合併の日の属する事業年度以後の各事業年度においては、当該合併法人は同条第三項の規定の適用を受けた法人と、当該合併法人の当該合併の日の属する事業年度は当該適用を受けた事業年度と、当該被合併法人が有していた当該調整公益目的財産残額は当該合併法人が当該合併の日の属する事業年度開始の日において有する前項に規定する調整公益目的財産残額とそれぞれみなして、第５項及び第６項の規定を適用する。
９　第４項に規定する贈与により生じた損失の額及び第５項又は第６項の規定の適用を受ける場合におけるこれらの規定に規定する公益目的支出の額は、法第３７条第７項（寄附金の損金不算入）に規定する寄附金の額に該当しないものとする。

（収益事業以外の事業に属していた資産及び負債の帳簿価額）
第１３１条の６　内国法人である公益法人等若しくは人格のない社団等のその収益事業以外の事業に属していた資産及び負債がその収益事業に属する資産及び負債となつた場合のその資産及び負債（以下この条において「転用資産等」という。）又は公益法人等が普通法人若しくは協同組合等に該当することとなつた場合のその該当することとなつた時において有するその収益事業以外の事業に属していた資産及び負債（以下この条において「移行時資産等」という。）の帳簿価額は、それぞれ当該転用資産等の価額としてその収益事業に関する帳簿に記載された金額又は当該移行時資産等の価額としてその該当することとなつた時においてその帳簿に記載されていた金額とする。

第１１款の６　公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算【新設】

第２７条の１６の４　令第１３１条の５第１項第３号イ（累積所得金額から控除する金額等の計算）に令第１３１条の５第１項第３号イ（累積所得金額から控除する金額等の計算）に規定する財務省令で定めるところにより計算した金額は、公益目的財産残額（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成１８年法律第５０号）第１１９条第２項第２号（公益目的支出計画の作成）に規定する公益目的財産残額をいう。次項第１号において同じ。）及び公益目的収支差額の収入超過額（一般社団法人及び一般財団法人に関する法律及び公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律施行規則（平成１９年内閣府令第６９号。以下この項において「整備府令」という。）第２３条第２項（公益目的財産残額）に規定する公益目的収支差額が零に満たない場合のその満たない部分の金額をいう。次項第１号において同じ。）の合計額に整備府令第１４条第１項第３号（公益目的財産額）に掲げる金額（既に有していない同項第１号に規定する時価評価資産（以下この条において「時価評価資産」という。）に係る部分の金額を除く。次項第３号において「評価損の額」という。）を加算し、これから整備府令第１４条第１項第１号に掲げる金額（既に有していない時価評価資産に係る部分の金額を除く。次項第３号において「評価益の額」という。）を控除した金額とする。
２　法第６４条の４第４項（公益法人等が普通法人に移行する場合の所得の金額の計算）に規定する財務省令で定める書類は、令第１３１条の５第１項第１号又は第２号に掲げる場合に該当する場合にはこれらの号に定める金額を証する書類とし、同項第３号又は第４号に掲げる場合に該当する場合には次に掲げる事項を証する書類とする。
　一　移行日（法第６４条の４第１項に規定する移行日をいう。次号及び第３号において同じ。）又は適格合併（同条第２項に規定する適格合併をいう。次号及び第３号において同じ。）の直前における公益目的財産残額及び公益目的収支差額の収入超過額
　二　移行日に有する時価評価資産又は適格合併により引継ぎを受けた時価評価資産の状況
　三　移行日に有する時価評価資産又は適格合併により引継ぎを受けた時価評価資産に係る評価益の額及び評価損の額

（みなし事業年度）
第１４条　次の各号に規定する法人（第６号から第８号までにあつてはこれらの規定に規定する他の内国法人とし、第９号、第１４号、第１５号及び第１７号にあつてはこれらの規定に規定する連結子法人とし、第１３号及び第１８号にあつてはこれらの規定に規定する連結法人とし、第１６号にあつては同号に規定する連結親法人とする。）が当該各号に掲げる場合に該当することとなつたときは、前条第１項の規定にかかわらず、当該各号に定める期間をそれぞれ当該法人の事業年度とみなす。
　十七　連結子法人の連結事業年度の中途において連結親法人が公益法人等に該当することとなつた場合　その連結事業年度開始の日からその該当することとなつた日の前日までの期間、その該当することとなつた日からその連結事業年度終了の日までの期間及びその終了の日の翌日から当該翌日の属する事業年度終了の日までの期間
　十八　連結親法人と内国法人（公益法人等に限る。）との間に当該内国法人による完全支配関係がある場合において、連結法人の連結事業年度の中途において当該内国法人が普通法人又は協同組合等に該当することとなつたとき　その連結事業年度開始の日からその該当することとなつた日の前日までの期間、その該当することとなつた日からその連結事業年度終了の日までの期間及びその終了の日の翌日から当該翌日の属する事業年度終了の日までの期間
　二十一　内国法人である公益法人等又は人格のない社団等が事業年度の中途において新たに収益事業を開始した場合（人格のない社団等にあつては、前条第４項に規定する場合に該当する場合を除く。）　その開始した日から同日の属する事業年度終了の日までの期間
　二十二　公益法人等が事業年度の中途において普通法人若しくは協同組合等に該当することとなつた場合又は普通法人若しくは協同組合等が事業年度の中途において公益法人等に該当することとなつた場合　その事業年度開始の日からこれらの場合のうちいずれかに該当することとなつた日の前日までの期間及びその該当することとなつた日からその事業年度終了の日までの期間